O principal objetivo do tratamento é eliminar as verrugas. A demora pode fazer com que as lesões se tornem maiores e mais graves. Além disso, há o risco de transmissão do vírus para os parceiros. A cauterização das verrugas genitais, sempre que possível, deve ser realizada. No entanto, não há evidências concretas que esses recursos alterem o curso natural da
doença.
Sabemos que, mesmo sem tratamento, algumas lesões podem desaparecer, estabilizar ou, ainda, aumentar de tamanho e número.
A decisão sobre a forma de tratamento deve ser discutida com cada aciente. Portanto, devemos avaliar com bastante cuidado o quadro específico de cada um.
Ainda que tamanho e número de lesões sejam importantes, outros fatores devem ser levados em consideração.
Também devem ser valorizados o local das lesões e as expectativas do paciente. remoção das verrugas é realizada com a destruição do tecido afetado. Pode ser feita através de uma cauterização química ou cirúrgica. Consequentemente, provoca-se, assim, uma diminuição da quantidade de vírus com a estimulação imunológica. Dessa maneira, aumentamos o número de células que irão combater na tentativa de eliminar o vírus.
É importante que os pacientes sejam informados que o tratamento pode ser longo com frequentes recidivas. Isso ocorre porque não há uma erradicação do vírus que pode estar latente em outras áreas,possibilitando a transmissão viral.